Semasa sekolah di bangku PGA Turen, Malang, Romo Kyai ngaji langsung dengan (almarhum) Kyai Shaleh. Yaitu, orangtua kandung Romo Kyai sendiri yang juga adalah tokoh penggerak dan perintis Islam di desa Sananrejo, Kecamatan Turen, Kabupaten Malang. Sedang Ayah Romo Kyai sendiri, menimba ilmu di Pondok Pesantren Tebu Ireng, Kabupaten Jombang.

Menurut Pak Kisyanto, salah seorang panitia Pondok Pesantren Salafiyah Bi Ba’a Fadlrah, semasa sekolah di PGA, hati Romo Kyai selalu merasa gelisah ketika menyaksikan orang-orang sibuk ngurusi dunia. ”Beliau selalu berpikiran nasibku dan nasib teman-teman tidak sama. Lha lek aku mati sak wayah-wayah, ya’ opo? Sak lawas-lawase, yo kunu umure dowo. Karena itu beliau selalu bertanya-tanya. Bagaimana mungkin ada orang yang lebih mementingkan dunia, sedang urusan akhirat jadi terbengkalai. Padahal, yang namanya urusan akhirat itu, perkaranya sangat besar,” kata Pak Kisyanto yang akrab disapa Pak Kis.

Ketika Romo Kyai dalam kondisi gelisah itulah, beliau kemudian melakukan istikharah, meminta petunjuk kepada Allah. ”Aku ora mondok nandi-nandi lek ora oleh petunjuk. Aku ora gelem sing nafsu,” ujar Romo Kyai seperti yang ditirukan oleh Pak Kis.

”Yang jelas, beliau melakukan istikharah untuk mencari jalan bagaimana caranya agar bisa selamat di akhirat nanti itu dalam kondisi seperti setengah tidur setengah sadar. Termasuk dalam persoalan mencari tempat dan guru yang dapat membawa kepada keselamatan akhirat. Hasilnya, beliau mendapat petunjuk yang pas mengenai tempat yang dimaksud. Yaitu, Pondok Pesantren Bahrul ’Ul?m  Sidorangu, Krian, Sidoarjo, Jawa Timur,” ujar Pak Kis.

Karena itu, dari PGA, beliau kemudian diantar Abahnya untuk mondok di Pondok tersebut. Di pondok inilah, beliau menimba ilmu dibawah bimbingan (almarhum) Hadhratu as-Syaikh al-Mukarram Kyai Haji Sahlan Th?lib ra. Yaitu pada tahun 1961-1963.

”Tapi, meskipun sudah selesai, namun beliau masih sering berkunjung ke Pondok Pesantren Bahrul ’Ul?m Sidorangu, Krian, Sidoarjo, Jawa Timur,” kata Pak Kis.

Yang jelas, lanjut Pak Kis, ketika belajar, beliau tidak banyak memperhatikan pelajaran. Sebab, yang diperhatikan adalah masalah akhirat. ”Jadi, sejak kecil, perhatian beliau selalu kepada akhirat. Nah, ketika belajar, yang dingat-ingat beliau adalah urusan akhirat. Beliau selalu membanding-bandingkan dengan urusan akhirat. Tapi, maksudnya adalah untuk khusnudzan,” papar Pak Kis.

Terkait dengan perjalanan masa kecil itulah, imbuh Pak Kis, Romo Kyai bercerita tentang alasan mengapa beliau selalu berpikir tentang akhirat. ”Ya, kuncoku, umure dowo-dowo. Nek umurku pendek, lha siapa yang menolong aku nang akhirat?” kata Romo Kyai, seperti yang diungkapkan kepada Pak Kis.